Ботанико-зоологические заказники предназначены для защиты видов растений и животных и их сообществ. Эти заповедники входят в число крупнейших в Литве и по площади нередко превышают тысячу гектаров.
| Назва́ние | Площадь, ге |
|---|---|
| Абокайский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 47,2 |
| Адомишкисский ботанический-зоологический заказник (2012-01-22) | 51,9 |
| Амалвасский ботанический-зоологический заказник | 1529,1 |
| Анталедский ботанический-зоологический заказник | 1325,9 |
| Апушисский ботанический-зоологический заказник (2006-05-12) | 94,3 |
| Ажуолийский ботанический-зоологический заказник (2001-09-27) | 67,6 |
| Ажуолинский ботанический-зоологический заказник (1998-12-17) | 81,6 |
| Ботанический-зоологический заказник Ажвинчяйского леса | 1653,1 |
| Белмонтский ботанический-зоологический заказник (2009-05-27) | 95,8 |
| Берштайский ботанический-зоологический заказник | 504,6 |
| Биржулисский ботанический-зоологический заказник | 1584,8 |
| Битенайский ботанический-зоологический заказник (2005-11-24) | 831,1 |
| Будский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 791,3 |
| Бугедский ботанический-зоологический заказник (2011-01-30) | 14,5 |
| Дабинтский ботанический-зоологический заказник (2016-08-19) | 419,8 |
| Ботанический-зоологический заказник Дусятского леса (1996-04-11) | 495,3 |
| Гаисяйский ботанический-зоологический заказник (1992-09-18) | 135,9 |
| Гастилионяйский ботанический-зоологический заказник (2016-08-19) | 299,2 |
| Гяльжский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 949,1 |
| Гямялишкисский ботанический-зоологический заказник (2011-01-30) | 7,2 |
| Грингаляйский ботанический-зоологический заповедник (1998-12-17) | 453,9 |
| Гружяйский ботанический-зоологический заказник (2015-04-21) | 70,6 |
| Илгашилисский ботанический-зоологический заказник (2009-05-13) | 498,3 |
| Илгатркисский ботанический-зоологический заказник (1996-10-25) | 30,6 |
| Ильгялисский ботанический-зоологический заказник (2002-12-18) | 33,9 |
| Ильгининкайский ботанический-зоологический заказник (2002-12-18) | 112,5 |
| Ильгисский ботанический-зоологический заказник (1997-05-03) | 272,3 |
| Калотский ботанический-зоологический заказник (1997-03-17) | 390,3 |
| Камшаский ботанический-зоологический заповедник (1960-09-27) | 352,1 |
| Ботанический-зоологический заказник Канисского болота | 1113,7 |
| Катрасский ботанический-зоологический заказник (2002-12-18) | 101,3 |
| Каукинский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 1135,0 |
| Казлу Рудский ботанический-зоологический заказник (1996-08-15) | 359,2 |
| Кяпуренайский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 16,3 |
| Кяуличяский ботанический-зоологический заказник | 660,3 |
| Княупасский ботанический-зоологический заказник (1995-02-23) | 856,1 |
| Книтисский ботанический-зоологический заказник | 542,7 |
| Кроку ланкский ботанический-зоологический заказник (1995-02-23) | 1220,6 |
| Ботанический-зоологический заказник Кубилюнайского леса (1998-12-02) | 74,1 |
| Кулякамписский ботанический-зоологический заказник | 757,2 |
| Кулинайский ботанический-зоологический заказник (2001-11-15) | 69,6 |
| Лауко Содовский ботанический-зоологический заказник (2000-12-22) | 64,4 |
| Лаумянисский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 644,8 |
| Лаумесский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 253,8 |
| Лепишкяйский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 183,7 |
| Маргининкайский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 1310,3 |
| Мяшкайский ботанический-зоологический заказник (2011-01-29) | 146,0 |
| Минчягирский ботанический-зоологический заказник | 754,7 |
| Ботанический-зоологический заказник старого русла Минии (2001-11-15) | 182,6 |
| Моркавасский ботанический-зоологический заказник (1995-02-15) | 300,2 |
| Натайковский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 23,0 |
| Паажуолинский ботанический-зоологический заказник (2011-01-30) | 75,8 |
| Пабиёчайский ботанический-зоологический заказник (1995-02-23) | 191,7 |
| Падубисисский ботанический-зоологический заказник (1995-02-23) | 545,0 |
| Падумблеский ботанический-зоологический заказник | 274,6 |
| Паешменяйский ботанический-зоологический заказник (1998-12-02) | 32,7 |
| Пашилеляйский ботанический-зоологический заказник (1992-09-18) | 531,5 |
| Патвярисский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 5,1 |
| Павикшруписский ботанический-зоологический заказник (1996-10-25) | 108,0 |
| Пажяльсвяйский ботанический-зоологический заказник | 462,8 |
| Пяляняйский ботанический-зоологический заказник (2015-04-21) | 27,0 |
| Пялясовский ботанический-зоологический заказник (2002-12-18) | 192,9 |
| Пялясовский ботанический-зоологический заказник (2011-01-30) | 194,8 |
| Пилюуоновский ботанический-зоологический заказник (2016-08-19) | 255,9 |
| Плаугиняйский ботанический-зоологический заказник (1996-04-18) | 981,6 |
| Ботанический-зоологический заказник Правиршулисского болота (1969-03-31) | 3315,7 |
| Рячяйский ботанический-зоологический заказник (2001-11-15) | 550,7 |
| Рекивский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 787,9 |
| Рингелишкский ботанический-зоологический заказник (1995-02-15) | 758,3 |
| Ботанический-зоологический заказник Ромайняйской дубовой рощи (2015-04-21) | 35,5 |
| Ружасский ботанический-зоологический заказник (2012-01-22) | 59,3 |
| Ботанический-зоологический заказник реки Шалтуоны (2012-01-22) | 66,1 |
| Шата-Вабаласский ботанический-зоологический заказник (1989-07-18) | 13,6 |
| Саусгалвяйский ботанический-зоологический заказник (2005-04-03) | 356,1 |
| Ботанический-зоологический заказник Шярмукшняйского торфяника (2000-10-18) | 105,6 |
| Смильтинский ботанический-зоологический заказник (2012-01-22) | 4,9 |
| Суданайский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 110,4 |
| Суктишкесский ботанический-зоологический заказник (2015-04-21) | 7,1 |
| Ботанический-зоологический заказник Cвeнцeлeвских лугов (2005-04-03) | 49,9 |
| Свирплинеский ботанический-зоологическей заказник (2012-01-22) | 23,8 |
| Ботанический-зоологический заказник реки Шишы (2014-01-29) | 802,3 |
| Тадаринеский ботанический-зоологический заказник | 247,5 |
| Тракасский ботанический-зоологический заказник | 549,2 |
| Тируляйский ботанический-зоологический заказник (1992-09-24) | 3698,6 |
| Ужпялькяйский ботанический-зоологический заказник (2019-07-26) | 1039,0 |
| Ужпялькяйский ботанический-зоологический заказник (1995-02-23) | 439,9 |
| Варникайский ботанический-зоологический заказник | 611,3 |
| Ботанический-зоологический заказник реки Вяркне | 415,7 |
| Вилькяушисский ботанический-зоологический заказник (2015-04-21) | 164,8 |
| Винцентавасский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 7,4 |
| Вирбальгирисский ботанический-зоологический заказник (1960-09-27) | 367,9 |
| Виштитгирисский ботанический-зоологический заказник | 701,7 |
| Восбучяйский ботанический-зоологический заказник (1996-10-25) | 153,7 |
| Выкшюсский ботанический-зоологический заказник (2002-12-18) | 30,1 |
| Вирёгальский ботанический-зоологический заказник (2009-05-06) | 379,2 |
| Жагарский ботанический-зоологический заказник (1996-03-20) | 865,0 |
| Ботанический-зоологический заказник Зелёного леса (Жалёйи гиря) (1960-09-27) | 3102,9 |
| Ботанический-зоологический заказник лугов Жалёйи (2012-01-22) | 40,4 |
| Жальтитисский ботанический-зоологический заказник | 417,3 |
| Ботанический-зоологический заказник реки Жеймяны | 320,5 |
| Жялсвовский ботанический-зоологический заказник | 349,8 |
| Зорубеляйский ботанический-зоологический заказник (1990-10-16) | 6,8 |
