Ботанические заказники предназначены для защиты видов растений, их сообществ и местообитаний.
| Назва́ние | Площадь, ге |
|---|---|
| Апшеский ботанический заказник (1989-07-18) | 12,1 |
| Арёгальский ботанический заказник (1992-09-24) | 113,7 |
| Арлавишкский ботанический заказник (2016-08-19) | 114,8 |
| Ажуолайский ботанический заказник (1992-09-24) | 267,5 |
| Балкасодисский ботанический заказник (1992-09-24) | 243,1 |
| Ботанический заказник Биржайского леса (1992-09-24) | 143,3 |
| Бражуолеский ботанический заказник | 372,3 |
| Буктанский ботанический заказник (1996-08-15) | 371,2 |
| Дальгинский Ботанический Заказник (1996-08-15) | 151,1 |
| Дауджгиряйский ботанический заказник (1998-12-17) | 164,1 |
| Дягсненский ботанический заказник | 7,5 |
| Дельтувский ботанический заказник (1987-08-18) | 35,3 |
| Дидмаргисский ботанический заказник (1996-03-20) | 27,9 |
| Дильбинеляйский ботанический заказник (1996-03-20) | 68,5 |
| Ботанический заказник Довидайского леса (1996-10-25) | 41,3 |
| Друбянгисский ботанический заказник | 66,9 |
| Друскининкайский ботанический заказник (1960-09-27) | 4,8 |
| Дубаусисский ботанический заказник (2001-11-15) | 10,4 |
| Дубулисский ботанический заказник (2016-10-29) | 47,8 |
| Эглинлаукисский ботанический заказник (1998-07-29) | 35,4 |
| Галздонайский ботанический заказник | 140,4 |
| Гячёняйский ботанический заказник (1998-12-17) | 136,6 |
| Гялядниский ботанический заказник (1988-02-29) | 522,7 |
| Гирджяйский ботанический заказник (1992-09-24) | 35,8 |
| Гиряльский ботанический заказник (1998-12-02) | 19,1 |
| Грандайский ботанический заказник (1992-07-08) | 185,5 |
| Гудмонишкеский ботанический заказник (2009-11-29) | 107,5 |
| Гикяйский ботанический заказник (1974-05-16) | 95,7 |
| Гистуский ботанический заказник (2001-11-15) | 149,1 |
| Илгутисский ботанический заказник (1960-09-27) | 58,3 |
| Юодуписский ботанический заказник (1997-05-03) | 112,4 |
| Юргелёнисский ботанический заказник (2012-01-22) | 6,7 |
| Юргяжяряйский ботанический заказник (1997-12-02) | 34,2 |
| ботанический заказник реки Юра (1974-05-16) | 16,9 |
| Ботанический заказник долины ручья Каматис (1998-12-02) | 28,2 |
| Кинтайский ботанический заказник (1992-09-24) | 520,2 |
| Кирдонисский ботанический заказник (1998-12-17) | 47,1 |
| Клангяйский ботанический заказник (2001-11-15) | 32,1 |
| Меджёкальнисский ботанический заказник в Кражяй (1960-09-27) | 77,4 |
| Круостасский ботанический заказник (1996-10-25) | 63,0 |
| Ботанический заказник Ланчюнавского леса (1996-10-25) | 62,1 |
| Ботанический заказник реки Ланкеса (1996-10-25) | 47,4 |
| Ботанический заказник реки Лапайня (1992-09-24) | 221,2 |
| Лапгиряйский ботанический заказник (1992-09-24) | 143,0 |
| Латвяляйский ботанический заказник (1992-09-24) | 100,0 |
| Лаукагалисский ботанический заказник (1991-11-28) | 84,9 |
| Лаумякяйский ботанический заказник (1992-09-24) | 44,1 |
| Лейтгиряйский ботанический заказник (2001-11-15) | 246,6 |
| Ляпшинский ботанический заказник (1992-09-24) | 206,6 |
| Лепакояйский ботанический заказник | 59,3 |
| Лужийский ботанический заказник (1998-01-01) | 67,6 |
| Маргуписский ботанический заказник (2012-01-22) | 25,3 |
| Мядинкинкский ботанический заказник (1974-05-16) | 15,7 |
| Мядомишкисский ботанический заказник (1998-12-17) | 59,9 |
| Мякшринисский ботанический заказник (1996-04-18) | 75,8 |
| Мидягский ботанический заказник (1988-06-17) | 44,9 |
| Ботанический заказник Мочюнайского леса (1996-10-25) | 11,5 |
| Ботанический заказник долины реки Муша (2000-10-18) | 58,3 |
| Наудварисский ботанический заказник (1988-02-29) | 67,9 |
| Ново-Лентварисский ботанический заказник (1996-05-29) | 185,0 |
| Неверщяйский ботанический заказник | 11,4 |
| Никайисский ботанический заказник (2001-11-07) | 63,3 |
| Норкайчяйский ботанический заказник (1960-09-27) | 518,5 |
| Пабаляйский ботанический заказник (1988-02-29) | 47,6 |
| Падайчяйский ботанический заказник (1998-12-17) | 61,5 |
| Папарчяйский ботанический заказник (1991-11-28) | 75,8 |
| Паштувcкий бБотанический заказник (1992-09-24) | 239,4 |
| Павирвичяйский ботанический заказник (1992-09-24) | 64,5 |
| Пажяльсвяйский ботанический заказник (1996-08-15) | 386,8 |
| Пяледнагяйский ботанический заказник (1992-09-18) | 6,0 |
| Праваласский ботанический заказник (2009-05-06) | 98,0 |
| Радвилонйяский ботанический заказник (1992-09-24) | 158,2 |
| Ринкотайский ботанический заказник (1995-02-23) | 99,1 |
| Саткунайский ботанический заказник (1998-07-29) | 106,7 |
| Шешувский ботанический заказник (1991-11-28) | 151,0 |
| Шетский ботанический заказник (1992-09-18) | 193,1 |
| Шяуденайский ботанический заказник (1992-09-24) | 248,2 |
| Шиленайский ботанический заказник (2005-11-24) | 201,1 |
| Шилинский ботанический заказник (2001-11-15) | 36,4 |
| Шилинский ботанический заказник (1988-02-29) | 163,2 |
| Скрябисский ботанический заказник | 111,1 |
| Смяельтский ботанический заказник (1988-02-29) | 3,6 |
| Страздинский ботанический заказник (1992-09-24) | 193,8 |
| Ботанический заказник Субартоняйского леса | 407,6 |
| Швендреский ботанический заказник (1992-09-24) | 262,5 |
| Швянтининкайский ботанический заказник (1991-11-28) | 18,0 |
| Ботанический заказник реки Швете (2008-12-05) | 12,2 |
| Ботанический заказник долины реки Швете (1998-07-29) | 9,3 |
| Табалисский ботанический заказник (2002-12-18) | 86,9 |
| Ботанический заказник Тракенайского леса (1996-08-15) | 97,4 |
| Тупутишкяйский ботанический заказник (1998-12-10) | 26,7 |
| Упнинкайский ботанический заказник (1992-09-24) | 105,5 |
| Вайсгелишкисский ботанический заказник (1979-07-11) | 6,4 |
| Варюсский ботанический заказник (1998-12-17) | 63,9 |
| Вяпряйский ботанический заказник | 47,4 |
| Видзгирисский ботанический заказник (1960-09-27) | 387,9 |
| Вилкатенайский ботанический заказник (1998-12-17) | 113,9 |
| Ботанический заказник озера Вилкас (1960-09-27) | 120,1 |
| Виржонайский ботанический заказник (1992-09-24) | 33,0 |
| Ботанический заказник долины Вишакис (1996-08-15) | 104,2 |
| Выжуонайский ботанический заказник (2001-09-27) | 6,8 |
| Ботанический заказник Зембишкисского леса (1996-10-25) | 20,7 |
